古生代与中生代之交的板块运动，使地壳的升降变化频繁，海平面亦发生了高速升降波动，海侵—海退—海侵的环境变化，导致了生境的频繁变化，促使许多古生代型高度特化的窄生境性生物的集群绝灭。二叠纪生物绝灭主要发生在二叠纪晚期海退过程中，海退结束的界线也是一条重要的生物绝灭或衰亡线。

这一时期的大陆板块漂移也使地球环境趋于恶劣，使原来平静分散的大陆板块聚集升高，导致海洋水位的大倒退和洋流、气流的急剧变化；板块运动又导致了火山活动，火山喷发的岩浆中含有大量的二氧化碳、硫化氢等有害气体，这些化学气体浓度不断升高并弥漫在地球的大气圈和水圈之中，很多生物因不能适应这种环境的变化而死亡；同时，在长兴灰岩中还发现了只有在宇宙空间才有的化学元素，表明当时还有可能受到了外星球的撞击。

长兴灰岩形成于海底极度缺氧的环境，死亡的生物堆积在这种环境中躯体不易分解，并被不断沉积的沉积物所覆盖，在成岩过程中经长期挤压和化学作用而逐渐变为化石。沉睡在岩层中的这些古生物化石，由于大陆板块的运动，使它们从海洋底部隆起，才使我们有可能解读它们的沦桑历史。